En introduction au recueil des procès-verbaux, sous le titre de « Entstehung der Mennoniten-Gemeinde Pruntrut », l’ »Aktuar » (sic) Daniel Nussbaumer signale le déroulement, dès 1895 déjà, de cultes de famille à la Vacherie-Mouillard. Ce domaine agricole, situé sur le Mont Terri au-dessus de Courgenay, était alors exploité par Isaak Gerber.

Une ferme (domaine économique), une école privée (domaine éducatif) et un lieu de réunion (domaine spirituel): les trois éléments permettant l’existence d’une communauté étaient réunis.
Samuel Gerber et Heinrich Schmutz, les prédicateurs desservant cette petite communauté née à la demande de plusieurs familles mennonites de la région, venaient respectivement de la Pâturatte près de Montfaucon et de la ferme de La Lave près de Damvant.
Plus tard, les rencontres se déroulèrent alternativement dans les fermes de Mavaloz (Bressaucourt), de La Vauche (Porrentruy) et de la Vacherie-Mouillard.
Ces lieux étant devenus trop exigus, on inaugura, le 12 mai 1918, un nouveau lieu de culte dans une ancienne tuilerie à Porrentruy, laquelle avait été acquise par Albert Amstutz. Les célébrations s’y déroulaient alternativement en allemand et français. Occasionnellement, des cultes étaient célébrés dans d’autres lieux (Mont-Russelin, Montvoie, Cras-d’Hermont, Mormont, …)
En 1931, Christian Schmutz, fils d’Heinrich, et l’année suivante, Jakob Lehmann furent nommés prédicateurs.
Le 15 août 1938, on scella la première pierre de la future chapelle de Courgenay dont l’inauguration se déroula le 22 janvier 1939.
En 1988-89, on construisit une annexe permettant de diversifier les rencontres.
L’Eglise évangélique mennonite de Courgenay fait partie de la Conférence mennonite suisse (CMS).